Dinas Perhubungan Administrasi Jakarta Utara dibentuk pada awal era otonomi daerah DKI Jakarta pasca berlakunya Undang-Undang Pemerintahan Daerah tahun 2000, ketika urusan transportasi dipisah dari provinsi dan didelegasikan ke kota administrasi. Pada 2002, Suku Dinas Perhubungan dan Transportasi Jakarta Utara resmi beroperasi dengan kantor di kawasan Tanjung Priok, bertugas mengatur arus lalu lintas jalan, mengelola perizinan trayek, terminal, parkir, serta pelabuhan rakyat di wilayah Koja, Penjaringan, Pademangan, Tanjung Priok, dan Cilincing. Seiring pertumbuhan kegiatan pelabuhan dan pemukiman pesisir, peran Dinas terus berkembang dengan integrasi layanan TransJakarta Koridor 12, penerapan sistem e-parking, dan program angkutan multimoda. Pada dekade berikutnya, transformasi menuju digitalisasi mendasari modernisasi layanan perizinan dan pemantauan lalu lintas pintar, sementara inisiatif transportasi ramah lingkungan dan kolaborasi lintas sektor semakin diperkuat untuk mendukung mobilitas Jakarta Utara yang lebih aman, tertib, dan berkelanjutan.